Dr. Günther Welsch studierte und promovierte an der Universität Bremen im Bereich Mikroelektronik. Von 1998 bis 2001 war er als Referent beim Bundesverband Informationswirtschaft, Telekommunikation und neue Medien (BITKOM) tätig. Danach setzte er seine berufliche Laufbahn bei der Deutschen Telekom im Sicherheitsbereich fort und war dort u.a. als Leiter für ITK-Sicherheit und BCM tätig. Im Juli 2007 wurde er zum Geschäftsführer des Bundesverbands IT-Sicherheit, TeleTrusT Deutschland berufen.

Von 2009 war er im Referat ITSicherheit des Bundesministeriums des Innern tätig. Im Juni 2012 wechselte Dr. Welsch als Fachbereichsleiter in das Bundesamt für Sicherheit in der Informationstechnik (BSI).

Seit dem 1. September 2017 leitet er die Abteilung „Krypto-Technik und IT-Management“ und ist in Zugleichfunktion der CIO des BSI.