Ernst Bürger ist seit Juni 2020 Leiter der Abteilung „Digitale Verwaltung; Steuerung OZG“ im Bundesministerium des Innern und für Heimat (BMI). Zuvor leitete er dort knapp zwei Jahre lang die Unterabteilung „Verwaltungsdigitalisierung und Verwaltungsorganisation; Steuerung/Koordination OZG; GS IT-Planungsrat“.
Nach dem Jurastudium und einer Tätigkeit als Anwalt und Repetitor in Münster begann er 1998 im BMI in der Abteilung für Ausländerrecht und war dort maßgeblich am Zuwanderungsgesetz 2001 beteiligt. Von 2001 bis 2005 war er Büroleiter der Staatssekretäre Zypries und Dr. Wewer und übernahm anschließend die Leitung des Grundsatzreferates „Informationsgesellschaft und E-Government“ im IT-Stab. Von 2008 bis 2016 verantwortete Ernst Bürger das Arbeits- und Tarifrechtsreferat und führte in dieser Funktion zahlreiche Tarifverhandlungen für den Bund. Er ist ehrenamtlicher Richter am Bundesarbeitsgericht.