Matthias Peter machte 2007 sein Diplom in Mathematik mit Nebenfach Informatik an der Universität Paderborn. Danach lebte er vier Jahre in Luxemburg, wo er an der Universität Luxemburg promovierte. Der Titel seiner Dissertation lautet „Poisson Transformation for Harmonic Differential Forms on Quaternionic Hyperbolic Spaces“.
Seit 2012 arbeitet Matthias Peter beim Bundesamt für Sicherheit in der Informationstechnik (BSI) als Kryptologe und leitet seit 2020 das Referat für Evaluierung ultramobiler VS-NfD-Lösungen basierend auf Android. Matthias Peter ist Koautor der AIS20/31 zu Anforderungen an die Evaluierung von Zufallsgeneratoren und gehört zu den Initiatoren des Projektes Knox Native. Er ist verheiratet und hat zwei Kinder.