Marika Linntam trat 2001 in den diplomatischen Dienst der Republik Estland ein, ihr Schwerpunkt lag hauptsächlich auf Europa. In den letzten fünf Jahren vor ihrer Ernennung zur Botschafterin in Deutschland war sie Generaldirektorin der Europaabteilung im Estnischen Außenministerium. In dieser Position widmete sie sich den allgemeinen Themen der Europäischen Union sowie der Förderung der bilateralen Beziehungen zu europäischen Ländern, mit denen Estland größtenteils auch durch die Mitgliedschaft in der NATO und die Mitgliedschaft in der Europäischen Union verbunden ist. Die Beziehungen zwischen Estland und Deutschland spielten in ihrer diplomatischen Laufbahn stets eine wichtige Rolle. Seit 2022 liegt der Schwerpunkt in der Europäischen Union und in den Beziehungen zu europäischen Ländern vor allem auf der Unterstützung der Ukraine und der langfristigen Gewährleistung der europäischen Sicherheit.

Bereits vor ihrer Ernennung zur Leiterin der Europaabteilung stand Marika Linntam lange Zeit für eine bestmögliche Vertretung estnischer Interessen in der Europäischen Union. In den Jahren 2010-2013 verteidigte sie die Interessen Estlands vor dem Europäischen Gerichtshof in verschiedenen Fällen, bei denen es vor allem um die Auslegung des EU-Rechts ging und bei denen es wichtig war, den estnischen Standpunkt hervorzuheben. In den Jahren 2013–2018 trug sie in der estnischen Vertretung bei der Europäischen Union in Brüssel zur Vorbereitung und Durchführung der estnischen Präsidentschaft bei und leitete die Treffen der Berater der Ständigen Vertreter (Antici) während der Präsidentschaft, deren Aufgabe es war, verschiedene Themenbereiche, darunter die Vorbereitung der Sitzungen des Europäischen Rates, zu koordinieren.

Marika Linntam schloss an der Universität Tartu ihr Jurastudium ab, ihren Masterabschluss in EU-Recht erwarb sie an der Universität Rennes in Frankreich.