Auch das EU-Parlament habe zu diesem Thema getagt: Anders als die Innenminister habe sich eine Mehrheit der Mitglieder im Ausschuss für Bürgerliche Freiheiten für klare Grenzziehungen beim Einsatz der Biometrie in den Reisedokumenten ausgesprochen. Die Einführung von Biometrie wird aus Datenschutzgründen als „heikel“ angesehen, es müsse ausgeschlossen werden, dass die Daten für andere Zwecke verwendet werden könnten, eine zentrale europäische Datenbank lehne das EU-Parlament zudem ab, die Integrität der EU-Bürger müsse geschützt werden. In die technische Ausgestaltung der biometrischen Pässe müssten zudem Experten einbezogen werden, noch liege kein vertrauenswürdiger Vorschlag für die Verschlüsselung der Daten auf den Chips vor. Das Parlament habe den Rat aufgefordert, sich bei der Einführung der biometrischen Daten auf ein einziges verpflichtendes Merkmal zu beschränken, die Innenminister hingegen wollten zwei oder auch drei biometrische Merkmale auf die neuen Ausweise aufbringen. Deutschland macht in dieser Hinsicht Druck, auch die derzeit im Test befindliche Iriserkennung freizugeben. Noch nicht abschließend geklärt und strittig ist, ob und in welcher Form die Entscheidung des EU-Parlaments berücksichtigt wird bzw. werden muss.